В том, что выполняется из rc.local, на переменные окружения надеяться нельзя (они ведь из /etc/profile и /etc/profile.d/*.sh обычно устанавливаются, а это случается только при входе пользователя и только для его окружения), остается только то, что сами прописали, то и будет при старте вызываемого.