Похоже тут без средств восстановления на основе содержимого не обойтись, в случае флешки ситуация будет много хуже, чем в случае диска.
Из средств под Windows можно глянуть в сторону R-Studio, HandyRecovery (есть free версия, несмотря на возраст весьма эффективна).
Из Linux-вариантов входящие в комплект testdisk утилиты, R-Studio (в таком варианте её не пробовал, за эффективность не скажу).