Посмотри ./vars, возможно там прописаны дефолтные настройки или что-то не так как было вначале при настройке сервера и первых пользователей.
Нужно там прописать все до буквы как было прописано. Подглядеть можно в *.crt любого пользователя.
Потом говоришь source ./vars или . ./vars, что одно и тоже.
И запускаешь
# ./build-key user2
И никаких ./clean-all - убьешь все сертификаты (да, и лучше скопируй их куда-нибудь).